Montpellier s'affirme par là même comme une ville cosmopolite : un pôle très favorable au commerce où se côtoient Chrétiens et Sarasins, Arabes, Juifs et Italiens.

"L'afflux des pèlerins provoqua également la naissance et l'extension d'institutions charitables et hospitalières. Des médecins juifs et arabes chassés d'Espagne vinrent faciliter la gestation de la future Ecole de Médecine dont la renommée était déjà internationale dès la fin du XIIIe siècle" écrit le chroniqueur Jacques Fabre de Morlhon.

Cette période coïncide avec celle de Montpellier, ville espagnole, par le mariage de Marie de Montpellier, fille de Guilhem VII avec Pierre II, roi d'Aragon. La domination aragonaise et majorquine se poursuivra pendant près de deux siècles, jusqu'en 1349 où Jacques III de Majorque vend au roi de France la ville et la baylie de Montpellier pour la somme de 120.000 écus d'or.

L'université heureusement conserve son prestige : Rabelais, Rondelet, Nostradamus, Griffi sauvegarderont sa célébrité.